Penyakit jantung congenital dapat mempunyai beragam penyebab. Seberapa penyebab tersebut seperti faktor lingkungan (seperti bahan-bahan kimia, obat-obatan dan infeksi), penyakil tertentu yang diderita ibu, abnormalitas chromosome, penyakit keturunan (genetic) dan faktor-faktor yang tidak diketahui (Idiopathic).

Faktor-faktor lingkungan memiliki pengaruh. Contohnya, jika seorang ibu mendapat German measles (rubella) selama kehamilan, maka infeksinya dapat mempengaruhi perkembangan jantung dan bayi yang dikandungnya (dan juga organ-organ lainnya). Jika ibunya mengkonsumsi alkohol selama kehamilan, maka fetusnya dapat menderita fetal alcohol syndrome (FAS), dan Penyakit Jantung Bawaan.

Penggunaan obat-obatan tertentu selama kehamilan dapat juga menyebabkan Penyakit Jantung Bawaan. Satu contoh adalah retinoic acid (nama merek Accutane) yang digunakan untuk jerawat. Contoh lain adalah obat-obat anticonvulsant, terutama hydantoins (seperti Dilantin) dan valproate.

Penyakit-penyakit tertentu pada ibu dapat meningkatkan risiko mengembangkan PJB pada fetus. Bayi-bayi dan ibu dengan diabetes mellitus, terutama pada ibu-ibu yang gula darahnya kurang optimal, berisiko tinggi mendapat PJB. Dan wanita yang mempunyai penyakit keturunan phenylketonuria (PKU) bertendensi juga mempunyai bayi dengan PJB.

Kelainan kromosom dapat menyebabkan penyakit Penyakit Jantung Bawaan (chromosome mengandung materi genetic, DNA). Pada kira-kira 3% dan seluruh anak-anak dengan Penyakit Jantung Bawaan ditemukan kelainan kromosom.